經過2008年和2013年兩輪國務院行政管理體制改革，國家層面“一部三局”架構基本建立，交通運輸大部門管理體制已經形成;省級層面17個省(區、市)基本建立了綜合交通運輸管理體制機制或運行協調機制。在全國政協委員、交通運輸部科學研究院副院長王先進看來，實際運行中，綜合交通運輸管理體系仍存在機構設置不合理、權責不統一、運行不順暢的突出矛盾。

王先進建議，進一步優化機構設置、理順職責關系，構建涵蓋鐵路、公路、水路、民航、郵政全方式，規劃、建設、運營、管理全鏈條，陸海空一體化的綜合交通運輸管理體制。明確綜合交通運輸體系規劃職責，發展改革、交通運輸、鐵路、民航等部門應按“三定方案”規定，履行綜合交通運輸體系規劃的編制職責，提高規劃的科學性、可操作性。整合城市交通管理職責，統一城市軌道交通的規劃、建設、運營等方面管理職能，明確互聯網租賃自行車等新興業態管理職責。理順部與部管國家局關系，明確部委與部委管理的國家局之間的職責邊界和管理關系，推進中國鐵路總公司市場化和政企分開改革，理順中國鐵路總公司的管理職責，將規劃、審批、監管等政府職能劃歸行業主管部門。

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